CytoScape是一款專業(yè)的信息數(shù)據(jù)分析和編輯工具，能夠通過多種形式的網(wǎng)絡(luò)圖形為用戶顯示分析結(jié)果，能夠幫助用戶對網(wǎng)絡(luò)進行構(gòu)建，幫助用戶輕松整合模塊化網(wǎng)絡(luò)和生物科學聯(lián)系網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，幫助您在分析生物數(shù)據(jù)的時候提供圖形化的操作方式！有需要獲取這款專業(yè)分析工具的用戶不要錯過了哦！

CytoScape安裝教程

如果沒有安裝java或環(huán)境變量的配置等，安裝Cytoscape時候點擊提示出：是否安裝java，點擊是即可。

其他默認安裝就可以，可以更改安裝目錄。不建議瞎改

在環(huán)境變量中，要修改兩個地方，一個是添加JAVA_HOME。選擇“新建”，變量名填上JAVA_HOME，變量值填上C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151，在java的安裝過程中，默認一直下一步安裝，所以裝在C盤，如果你在安裝過程中改了，那可能是D盤或者E盤，那么變量值要做相應(yīng)的更改。

還要修改一個地方，就是Path，添加JAVA的變量值到Path中：選擇Path，然后點“編輯”，在最后面添加如下語句：%JAVA_HOME%\bin。

打開命令提示符cmd，輸入java -version，如果能正常顯示，那表明裝好了，你就可以裝Cytoscape了。

使用教程

1. 安裝并打開Cytoscape

2. 導入蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫中參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

網(wǎng)絡(luò)文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安裝目錄下有Sample Data，是部分網(wǎng)絡(luò)文件的示例。

本地導入?yún)⒖嘉锓N的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

Cytoscape默認將文件第一行作為列名。如果文件第一行是基因，在導入網(wǎng)絡(luò)時要在Advanced Options中取消用第一行作為列名。

然后選擇每一列數(shù)據(jù)的屬性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同時對應(yīng)不同顏色和圖標標記。

導入后，右上部窗口內(nèi)展示蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖，右下部為網(wǎng)絡(luò)圖的相關(guān)節(jié)點 (Node) 及邊 (Edge) 的數(shù)據(jù)信息。

左側(cè)為導入的網(wǎng)絡(luò)目錄和網(wǎng)絡(luò)屬性 (Style) 設(shè)置菜單。

從公共數(shù)據(jù)庫中獲得參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

例如要導入某個物種的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)：選擇物種和想要查看的數(shù)據(jù)庫，搜索包含該物種蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫，導入數(shù)據(jù)(時間稍長)。

3. 在Layout選項下可以選擇方便觀測的布局(默認導入的布局方式為Perfuse Force Directed Layout)。

4. 設(shè)置網(wǎng)絡(luò)節(jié)點和邊的風格 (Style)

在Style選項卡下Edge設(shè)置中對邊的形狀、顏色、大小等進行設(shè)置。例如，將連線的顏色設(shè)置為藍色，同時設(shè)置到Target方向的箭頭同樣為藍色。

5. 導入差異表達基因及其屬性列，映射到互作網(wǎng)絡(luò)中作為各節(jié)點的拓撲性質(zhì)。www.52shanhong.cn

選取目標網(wǎng)絡(luò)、設(shè)置關(guān)鍵列 (Column1)、選擇需要的節(jié)點屬性列(可以選取多列，本例選取Column2，并重命名為Label，其中為up/down數(shù)據(jù))。

6. 根據(jù)上下調(diào)基因 (up/down) 標示網(wǎng)絡(luò)，定義上調(diào)基因 (up) 為紅色，下調(diào)基因 (down) 為藍色。

7. 導出數(shù)據(jù)

導出圖像Export Network as Graphics。

導出數(shù)據(jù) Export Table。

可導出數(shù)據(jù)面板中的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點、邊和整體網(wǎng)絡(luò)的信息。

在彈出窗口編輯導出文件名。

CytoScape功能

以多種多樣規(guī)范格式載入分子結(jié)構(gòu)和基因遺傳相互影響數(shù)據(jù)集
新項目和集成化全局數(shù)據(jù)集和作用注解
在這種數(shù)據(jù)信息中間創(chuàng)建強勁的可視化投射
應(yīng)用體細胞主視圖應(yīng)用軟件實行高級剖析和建模

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可視化和剖析人為因素方案策劃的路徑數(shù)據(jù)集，如維基百科路徑、核反應(yīng)堆和KEGG。